Présentation de la plateforme protéomique Prot’ICO

Prot’ICO : la plateforme de mutualisation en prestation/collaboration protéomique de l’ICO ouverte à l’extérieur

En 2022 L’unité Oncoprotéomique s’est équipée d’un ensemble d’appareils d’analyse haute sensibilité et haut débit capable de répondre aux besoins de l’équipe et au-delà. Il a donc été décidé de le mutualiser en mettant en commun le temps disponible d’analyse afin de permettre aux autres équipes académiques ou privées externes d’utiliser les appareillages sous réserve d’examen préalable de l’adéquation entre la demande et les moyens matériels et humains disponibles. La structure mutualisée a pris le nom de Prot’ICO et fera l’objet d’une demande de labellisation par le GIS Infrastructure en Biologie Santé Agronomie (IBiSA) début 2023. Elle structure actuellement son organisation pour répondre au plus grand nombre dans le respect de la démarche qualité suivant le référentiel ISO9001. 

En illustration : la chaine nano chromatographique couplée au dispositif de spectrométrie de masse en mobilité ionique-Quadrupôle – TOF dédiée aux analyses protéomiques à haut débit.

La plateforme est régie par un comité de pilotage composé des responsables de la plateforme, des responsables direction recherche et direction médicale de la recherche, des représentants qualité et de représentants utilisateurs à l’occasion des réunions stratégiques. Il se réunit 2 à 4 fois l’an selon l’opportunité et les échéances. Le comité de pilotage peut être amené à solliciter son comité de 3 experts scientifiques pour apporter un point de vue extérieur, notamment sur les stratégies scientifiques, les moyens nécessaires aux demandes conséquentes et les investissements technologiques envisagés.

• Expertise pour la prise en charge de projets en protéomique et réalisation de designs expérimentaux
• Identification de protéines à partir d'échantillons complexes (tumeurs congelées ou Fixées « FFPE », lysats de cellules cultivées, sérum ou plasma) et leur quantification relative « Label-Free » (LFQ) : DDA ou DIA-PASEF
• Identification de partenaires de molécules appâts: analyse d'expériences de Co-immunoprécipitation (AP-MS)
• Analyse des interactomes de proximité grâce à la technique BioID/APEX et Caspex (pour identifier spécifiquement les protéines proches du promoteur d'un gène cible)
• Analyse de fractions secrétées (solubles ou exosomales)
• Analyse de phosphopeptides par enrichissements ultrasélectif « Easyphos ». 
• Analyse des fichiers bruts sur Spectronaut® et DIA-NN, dépôts en repositories pour publications.
• Analyses statistiques préliminaires de validation et exposé des résultats selon les standards du domaine.
   

Elle est validée par le comité de pilotage de la plateforme et disponible par ce lien : charte_ProtICO

Toute demande de collaboration, d’analyse ou de devis doit transiter par l’adresse email labo.proteomique@ICO.unicancer.fr. Les demandes très conséquentes pouvant faire l’objet d’investissements lourds, en matériel ou en ressources humaines, doivent au préalable associer la plateforme à la réflexion. Celle-ci pourra éventuellement faire appel à son conseil scientifique d’experts extérieurs.  

Hors contexte académique, les conseils auprès des organismes privés sont considérés comme une activité de « consulting ». L’activité protéomique est réalisée en collaboration ou prestation (les tarifs s’appuyant sur un calcul des coûts complets selon la charte des bonnes pratiques AVIESAN 2013) et les tarifs pour chaque type d’analyse sont disponibles auprès de l’équipe.

Dédiés au retraitement de données, ils sont accessibles sur site, à la demande.

Elles peuvent être dispensées sur demande auprès de l’équipe pour des projets de long terme ou plus ponctuellement pour les étudiants en cycle LMD des équipes.

Une enquête sur l’emploi de matériel de découpage et d’isolation à l’échelle cellulaire et sub-cellulaire est en cours (voir paragraphe projets de l’unité). Il permettrait de manipuler des quantités infimes de protéines sans risque de perte ou de « contaminations » afin de bénéficier de la pleine puissance des appareils d’analyse installés en 2022 (TimsTOF pro2 et ses chromatographes : voir photo). Ces appareillages ultraprécis et robustes permettent d’identifier et quantifier 4 à 6 fois plus de protéines dans un lysat en utilisant un dixième de la quantité auparavant nécessaire.

Après traitement pour analyse protéomique, si une partie est inutilisée, le restant est susceptible d’être conservé jusque 3 mois après rendu des résultats.

Elles sont sauvegardées, annotées et conservées sous un format exploitable et consultable, éventuellement déposées sur sites spécialisés publics pour accompagner les publications et sont susceptibles d’être effacées après 10 ans sans projet de publication avéré.

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